Henning Köhler a travaillé comme enseignant dans les petites classes, éducateur en orthopédagogie et dans le travail avec les jeunes. En 1986, il a fondé la Clinique thérapeutique ambulatoire, qui fait partie de l'Institut Janusz-Korczak à Nürtingen depuis 1987. Le but de cette institution est d'aider les enfants et les adolescents dont les problèmes se manifestent comme des troubles du développement ou comme des problèmes de comportement. Il est co-fondateur du Groupe d'étude de l'éducation nouvelle et travaille avec de nombreux spécialistes de l'éducation, l'éducation spécialisée, la psychologie et la médecine, pour défendre le droit des enfants à une enfance « non contaminée » et contrer la tendance à la scolarisation trop précoce. Il prend à l'égard des troubles du comportement de l'enfance, une position critique par rapport à la science et s'oppose à l'utilisation excessive de médicaments psychotropes dans les soi-disant troubles de l'attention.

Les branches de l'Institut Janusz Korczak ont ​​été récemment fondées à Cologne et à Vérone. Henning Köhler est créateur et responsable de deux cours de formation professionnelle continue à Nürtingen et à Cologne, qui s'adressent principalement aux enseignants et aux éducateurs. Il est chargé de cours dans plusieurs centres de formation pédagogique pour des personnes travaillant comme professeur d'éducation spécialisée, thérapeute pour jeunes et conseillers pédagogiques en pratique privée. Il fait des tournées de conférences en Allemagne et à l'étranger et publie des articles.